Bien que la faune constitue un attrait dans un boisé, elle peut également occasionner des dommages aux arbres. C’est notamment le cas du mulot, du porc-épic et du castor.

Encore une fois, la meilleure façon d’affronter ces problèmes est de favoriser une diversité d’habitats fauniques de façon à encourager la présence de leurs prédateurs, comme le coyote, le renard, le pékan ou le lynx, qui contrôleront de façon naturelle les populations.

Le cerf de Virginie peut causer d’importants dommages aux plantations d’arbres et à la régénération forestière. Certains protecteurs ou répulsifs contre le broutage peuvent être appliqués aux arbres d’une plantation lorsqu’on se retrouve dans une région où la population de cerfs est importante.

Au Québec, la chasse constitue un bon moyen de contrôler les populations. Il s’agit d’une activité importante en forêt privée et elle permet d’éviter une surpopulation et de protéger l’habitat. Si le propriétaire n’est pas un chasseur, il est possible de louer sa terre à des chasseurs.